一、我国加工贸易当前存在的主要问题 
　　1.产业关联度差且飞地效应明显 
　　产业关联度指产业间通过产品供需形成的互联、互存的内在联系，主要表现为：产品供需上面，任何行业及产品都会成为其它行业生产的投入要素；产业技术供给方面，产业生产需其它产业提供技术手段，推动关联产业技术进步，使产业技术水平向更高层次推进。 飞地效应指加工贸易中，外商既不使用东道国原材料与零部件，对国内企业也不会产生扩张与示范效应。 
　　2.劳动力价格的比较优势降低 
　　国内国情决定加工贸易的比较优势在于劳动密集型产业。但周边发展中国家的竞争降低了我国劳动密集型产业的比较优势。以越南为例，2012年，越南的劳动力成本仅为我国劳动力成为的1/3。并且，由于加工贸易企业的技术吸收与创新能力差影响了产业转型升级进度。
　　3.产业价值链上游环节发展较弱 
　　据联合国发展署统计数据显示：我国驰名商标在全球品牌占比例不足3%，而市场占有率却在40%以上。由于国内企业对研发、品牌、销售重视不足，导致加工贸易只能处于价值链底端。我国加工贸易仍处于国际价值链的低端环节，即简单零部件组装阶段，而价值链上游的设计研发、品牌营销、销售等环节发展却相当滞后。 
　　二、加工贸易产业转型升级的对策建议 
　　1.促进东部地区边际产业西移 
　　我国加工贸易初期，都是依靠廉价的劳动力优势，从事简单的水平低的装配工作。随着经济发展，沿海地区劳动力成本不断提升，劳动力价格优势降低，导致“飞地经济”，造成劳动力密集型的加工贸易产业开始转移到劳动力成本较低的地区，形成东部与中西部地区的互补分工格局。 
　　（1）构建加工贸易区域合理布局 
　　东部地区与中西部地区依照“梯度推进，循序渐进”的原则，实现“沿海接单、内陆生产、沿海直接出口”的加工贸易模式。 
　　（2）促进以跨国公司为载体的边际产业西移 
　　跨国公司将产品的生产环节在全球范围内配置，按成本最低原则逐步细化生产布局。当前，跨国公司对华投资逐渐扩张，投资呈现系统化特征。对于我国，实现加工贸易产业转移的最有效途径是实现东部产业结构升级、西部产业结构调整。跨国公司的投资西移，降会带动配套企业的西部投资，进而形成产业集群效益，提高规模经济与范围经济效益。 
　　（3）中西部地区选择适合的加工贸易行业 
　　中西部地区应该发展劳动密集型的加工贸易产业，与东部沿海地区保持差异化，体现地区特色。产业转移是梯次渐进的过程。如中部地区自然资源丰富，，且自拥有高素质劳动力，但其成本仅为沿海地区的1/3，因此中部地区可发展能源加工，矿产品加工产业，如水电，矿产等资源开发，并提高资源性产品的深、精加工能力。 
　　（4）搞好中西部地区的投资环境建设 
　　中西部地区交通运输不佳，缺乏地缘优势，制约了加工贸易的产业西移。相关部门应加快中西部交通发展。如开辟新机场与新航线；加快现代交通运输；发展电子商务、宽带高速信息网络等。政府部门应转变职能，建立出口加工贸易区，吸引加工贸易企业向中西部地区转移。 
　　2.促进科技进步 
　　（1）培育企业的自主创新能力 
　　而企业核心竞争力在于自主创新能力，应培育企业自主技术创新能力，研究开发核心技术，促进加工贸易发展与产业结构转型升级。 
　　首先。加强人才培养。构筑突出的人力资源基础，实现加工贸易的可持续发展。例如，加强专业技术人员培训，建立面向产业成长和技术进步的高等技术教育体系；加强重点行业技工培养。高级技工缺乏已成为技术创新与产业升级的重要影响因素 
　　其次，提高企业对高新技术产业的R&D经费。随着中国R&D经费不断提高，R&D经费投入强度（R&D经费与GDP之比）也在不断增长。企业部门R&D活动的两个重要特征：外资企业R&D经费比重较高，高技术产业的R&D经费比重偏低。要提高企业技术水平与产业竞争力，必须加大对高科技产业的投入。 
　　（2）充分发挥跨国公司的推动作用 
　　引导外商投资我国高新技术产业。跨国公司的进入，使我国切入到国际分工体系内，带动了加工贸易的发展，推动了我国产业链条从附加值低的环节向附加值高的环节推进。因此，应积极引导外商投资于高新技术产业，借此进入到全球生产体系中附加值大、科技含量高的环节，提高加工贸易的技术水平。 
　　（3）与跨国公司研发机构合作 
　　政府应鼓励企业加强国际间科研合作，通过同跨国公司研发与生产领域合作，规范研发人员的合理流动，完善技术交易市场，把加工贸易作为承接产业转移的载体，利用跨国公司研发机构的技术溢出效应，促进加工贸易产业升级。 
　　3.培育内资企业的主体地位 
　　相关政府部门必须鼓励内资企业参与加工贸易。首先，加快国有企业体制改革，培育其主体地位。通过国有企业体制改革，让其积极加入到高新技术产品加工贸易的价值链中，使其具备激励机制、竞争理念与市场行为，提高企业管理水平，加快技术进步，为加工贸易转型升级提供有利支持；其次，积极培育民营企业加工贸易主体地位。民营企业是内资企业的重要组成，且呈现集群发展趋势。因此，应推动民营企业发展加工贸易，发展特色加工出口集群。